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行业动态
一天内构建出CRISPR-Cas系统的多种序列
- 作者:admin
- 发布时间:2020-11-10 18:14
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各位好!!这周为大家强烈推荐一篇发布在ACS Synth. Biol.上的文章内容:One-Day Construction of Multiplex Arrays to Harness Natural CRISPR-Cas Systems,文章内容的作者是来源于美国加州大学圣迭戈校区的Jeff Hasty和Robert Matthew Cooper。
CRISPR-Cas系统是维护病菌和古生菌不会受到核苷酸侵入的适应性免疫体制,一般它会检验并裁切或溶解特殊的总体目标序列。CRISPR-Cas系统包含Cas蛋白质,及其短的间隔DNA构成的反复序列,该系统软件已被开发设计为一种常见的基因编辑工具。殊不知,与纯天然的CRISPR-Cas系统对比,合成生物学中应用的CRISPR-Cas系统一般很困难另外对好几个基因开展实际操作,这关键是由于相匹配的多种CRISPR序列无法生成,一般必须花销较长的時间及其较高的成本费,且不容易取得成功。为了更好地处理这一难题,作者试着在Acinetobacter baylyi这类病菌上探寻构建纯天然CRISPR序列的方式。
最先,作者检测了病菌的内源CRISPR-Cas系统是不是有工作能力阻隔基因的水准迁移。将靶向治疗卡那霉素抵抗性基因的单间隔DNA序列插进到基因组里,与质粒共孵育,较为了不一样序列功效下卡那霉素抵抗性转换子的水准。结果显示这一生成的CRISPR序列能够在一定水平上阻隔基因的获得。为了更好地进一步提高内源CRISPR-Cas系统对外开放源DNA的法律效力,作者刚开始试着开发设计一种用以构建多种序列的方式。提升后的实验步骤为:(1) ssDNA磷酸化激话;(2) 淬火;(3) T4联接;(4) 提纯;(5) PCR扩增;(6) 胶提纯;(7) 插进媒介;(8) 转换;(9) PCR挑选。全部序列的拼装能够在一天内进行。应用该方式,作者可以将一个带有9段间隔DNA的多种序列迅速精确地插进到质粒中。接下去,作者用一样的方式构建了一个有8间隔的可另外抵挡二种卡那霉素抵抗性基因的序列。与以前检测的单间隔序列对比,每一个4间隔序列可各自阻隔分别卡那霉素基因的获得,而详细的8间隔序列另外阻隔了2个基因。
CRISPR早已在许多 状况下被用以基因组编写,作者想确定她们的序列也可以编写A. baylyi的基因组。因此,作者构建了一个对于bap基因3间隔序列,bap基因与细胞外基质的产生相关。将该序列根据媒介转换入病菌内,用疑胶试验检验来到无标识的bap缺少,进而认证了基因组编写的取得成功。接着,作者又尝试根据构建一个6间隔序列来另外删掉二种基因,但仍未取得成功。作者觉得不成功的缘故可能是转换高效率过低。
最终,作者证实了她们叙述的方式能够营销推广到别的应用不一样反复序列和间隔长短的纯天然CRISPR列阵。做为例子,作者挑选Cas12a序列,该Cas12a序列有较长的36bp反复和26-32 bp间隔。即便如此,作者還是轻轻松松地拼装了一个总长68 bp的靶向治疗内酰胺酶基因的4间隔列阵,而且取得成功地完成了转换。
综上所述,作者开发设计了一种迅速、经济发展、灵便地构建纯天然多种CRISPR序列的方式,该方式具备3个关键的特点:与众不同的联接结构域、较长的淬火地区和不过长的ssDNA寡核酸长短。虽然这一方式节约时间和钱财成本费,但它也是有一些局限,比如难以生成具备好几个同宗间隔DNA的序列等。作者觉得,该方式将加重对CRISPR在其地理环境中的微生物必要性的科学研究和了解,并进一步扩展CRISPR在基因工程项目上的运用。