Cas13a最开始是由Broad研究室的科学研究工作人员发觉的。二零一五年，Shmakov以及朋友运用Cas1做为“鱼饵”，来评定病菌基因中与CRISPR关联的蛋白质。根据本次剖析，她们评定出53个备选遗传基因，一共分为三大类：C2c1、C2c2和C2c3。C2c1和C2c3与Cpf1一些相近，但是他们必须tracrRNA和crRNA才可以切割DNA目标，而Cpf1仅必须crRNA。

再看来C2c2（也就是Cas13a）与Cas9的区别。较大 的区别取决于Cas13a融合并切割RNA，而Cas9切割DNA。从构造上看来，Cas13a带有2个HEPN结构域，而Cas9用HNH和RuvC结构域来切割DNA目标。HEPN结构域对Cas13a切割RNA目标是必不可少的。此外，与Cas9相近，Cas13a分子结构中重要残基的突然变化能够 产生核酸酶特异性缺少的Cas13a（dCas13a），它可以融合RNA目标但没法切割。