Cpf1系统识别的PAM程序与Cas9完全不同

   2015年，张锋和他的同事们报告说，有可能实现更简单准确的基因组工程操作。该新系统在不同种类的细菌中寻找了成百上千的CRISPR系统，寻找了具有有用特性的酶，结果氨基酸球菌属(Acidaminococcus)和毛螺杆菌科(Lachnospiraceae)的Cpf1酶成为了新的候选。

  这一新发现的Cpf1系统有几个重要的方面不同于以往描述的Cas9，在生物通最先报道的张锋Cell：新一代CRISPR基因组编辑系统这篇文章中就提到：Cpf1系统更简单一些，它只需要一条RNA。Cpf1酶也比标准SpCas9小，易传递到细胞和组织内的Cpf1用不同于Cas9的方法切断DNA。当Cas9复合体切断DNA时，同一部位的2条链被切断，剩下的“bluntends”在重新连接时多发生突变。采用Cpf1复合物生成的两条链切口是偏移的，在裸露端留下了短悬端（overhang）。预计这将有助于正确的插入，研究人员发现，能够更有效且正确地整合DNA的Cpf1切口远离识别部位意味着即使在切断部位靶基因变异，也能够再次切断靶基因，提供了多次修改编辑机会的Cpf1系统为选择靶部位提供了新的像Cas9一样，Cpf1复合物必须首选附着PAM,短序列，选择的靶点靠近自然存在的PAM序列。Cpf1系统识别的PAM程序与Cas9完全不同。
这在靶向某些基因组如疟原虫及人类基因组时可能是个优势。