古生菌和细菌的CRISPR/Cas系统保护它们的宿主免受噬菌体和其他的可移动遗传元件的影响。根据最新的分类标准，CRISPR/Cas系统可分为两类:
1类CRISPR/Cas系统和2类CRISPR/Cas系统。
第1类CRISPR/Cas系统分为I型CRISPR/Cas系统（标签基因为Cas3）、III型CRISPR/Cas系统（标签基因为Cas10）和IV型CRISPR/Cas系统（标签基因为Csf1）。I型CRISPR/Cas系统可进一步分为ⅰ-A(标记基因Cas8a、Cas5)、ⅰ-B(标记基因Cas8b)、ⅰ-C(标记基因Cas8c)、ⅰ-D(标记基因Cas10d)、ⅰ-E(标记基因Cse1、Cse2)、ⅰ-F(标记基因Csy1、Cy2和Csy3)、ⅰ-U(标记基因gsu 0054)；ⅲ型CRISPR/Cas系统可进一步分为ⅲ-A(Csm 2)标签基因、ⅲ-B(Cm r5标签基因)、ⅲ-C(Cas10或Csx11标签基因)、ⅲ-D(Csx 10)；标签基因)；ⅳ型CRISPR/Cas系统可进一步分为ⅳ-A和ⅳ-b
第2类CRISPR/Cas系统分为II型CRISPR/Cas系统，它的标签基因为Cas9；V型CRISPR/Cas系统，它的标签基因为Cas12a（之前称为Cpf1）、Cas12b（之前称为C2c1）和Cas12c（之前称为C2c3）；VI型CRISPR/Cas系统，它的标签基因为Cas13a（之前称为C2c2）、Cas13b和Cas13c。II型CRISPR/Cas系统可进一步分为II-A（标签基因为Csn2）、IIB（标签基因为Cas4）和IIC（不存在Csn2和Cas4），V型CRISPR/Cas系统可进一步分为V-A（标签基因为Cas12a）、V-B（标签基因为Cas12b）、V-C（标签基因为Cas12c）和V-U（标签基因为TnpB-like）。VI型CRISPR/Cas系统可进一步分为VI-A（标签基因为Cas13a）和VI-B（标签基因为Cas13b）