过体外结合实验，研究人员发现AcrVA4可以在切割前后两种状态下结合lbCas12a-crRNA二元复合物和lbcas12a-crRNA-dsDNA三元复合物，但不能结合纯cas12a蛋白，表明AcrVA4识别cas12a的特异性构象。随后，他们利用冷冻电子显微镜的单粒子三维重建技术，分析了AcrVA4结合lbcas12a-crRNA的原子分辨率的三维结构。该结构表明AcrVA4以同二聚体的形式存在，并与一个或两个lbcas12a-crRNA二元复合物结合。
  在两种形式的复合物中，AcrVA4通过类似的机制与Cas12a相互作用，表明两种结合模式具有相同的抑制作用。进一步的结构分析表明，AcrVA4利用其C末端结构域与LbCas12a的多个结构域相互作用，并锁定其构象，从而阻止靶核酸和crRNA间隔序列之间的互补配对，进一步阻断核酸切割反应。有趣的是，当AcrVA4在裂解前状态下与lbCas12a-crRNA-dsDNA三元复合物(R环状态)相互作用时，结合的dsDNA可以被剥离，从而拯救捕获的靶脱氧核糖核酸免于裂解。此外，AcrVA4还能以高亲和力结合裂解的lbca12a-crRNA-dsdna复合物，这可能干扰新CrRNa对Cas12a的替换，并阻断酶的再循环过程