PAM一般由NGG3个碱基组成（N为随意碱基）。病毒入侵时，Cas91和Cas92编号的蛋白质将扫描仪这些外源DNA，并鉴别出PAM地区，随后将邻近PAM的DNA编码序列做为备选的原间距编码序列。接着，Cas91/2蛋白质复合物将原间距编码序列从外源DNA中裁切出来，并在别的酶的帮助下将原间距编码序列插进邻近CRISPR编码序列前导区域中下游。随后，DNA会进行修补，将开启的双链豁口合闭。与此同时，每段新的间距编码序列就被加上来到基因组的CRISPR编码序列当中。