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sgRNA的设计原则

  • 作者:admin
  • 发布时间:2019-12-12 17:47
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  sgRNA的设计原则

  1)sgRNA的长度:S. pyogenes II型CRISPR系统(SpCas 9)一般为20nt。

  2)sgRNA序列的碱基组成:基因特异的sgRNA 模板序列为位于PAM 序列前,PAM序列的特征为NGG (N可以为任意核苷酸),所以选择3'末端含有GG的sgRNA,这样可以构成PAM序列。同时,sgRNA的序列应避免以4个以上的T结尾,GC%含量最佳为30%-70%(40%-60%)。

  3)sgRNA的序列与On-target和Off-target的匹配数都应尽可能的高,一般大于60,认为是可用的。

  4)如果构建U6启动子或T7启动子驱动sgRNA的表达载体,需要考虑sgRNA的5'碱基为G或GG,来提高其转录效率。

  5)全基因的脱靶效应分析,需要考虑脱靶位点的错配碱基数,尽量不超过5个。

  6)如果想要造成基因移码突变,需要尽量靠近基因编码区的ATG下游,尽量位于第一或第二外显子上。

 
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