Cas9/tracrRNA/crRNA复合物就好像一颗制导巡航导弹，能够对入侵者的DNA进行精准的打击。这一复合物将扫描仪全部外源DNA编码序列，并鉴别出与crRNA相辅相成的原间距编码序列。这时候，复合物将精准定位到PAM/原间距编码序列的地区，DNA双链将被解除，形成R-Loop。crRNA将与相辅相成链有性杂交，而另这条链则维持矿酸情况。接着，Cas9蛋白质进行强烈进攻，其HNH酶促反应将裁切crRNA相辅相成的DNA链，并且RuvC特异性位点将裁切非相辅相成链。最后，Cas9强大的火力点使双链断裂（DSB）形成，外源DNA的表述被缄默，入侵者被一跃歼灭。